PaVE

A propos

PaVE (PapillomaVirus Episteme) est une ressource bioinformatique développée par le National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) offrant une base de données et des applications web permettant le stockage, l'annotation, l'analyse et l'échange d'informations génomiques sur les papillomavirus. Elle adopte une approche open source et favorise l'intégration et la réutilisation d'outils existants.

Contenu et outils disponibles

PaVE contient à ce jour :

• 853 génomes de papillomavirus annotés (dont 254 génomes de non-référence)
• 11338 gènes et régions
• 6687 séquences de protéines
• 108 structures de protéines

que les utilisateurs peuvent explorer, analyser ou télécharger.

En terme d'outils pour l'analyse de données, PaVE offre :

• alignement multiple de séquences
• visualisation de structures protéiques
• outil de taxonomie basé sur le gène L1
• arbre phylogénétique

Ces outils facilitent l'étude de la diversité, de l'évolution et des caractéristiques fonctionnelles des papillomavirus.

Intégration de nouveaux génomes

Avec les avancées du séquençage de nouvelle génération, de nombreux génomes potentiellement nouveaux ont été identifiés. PaVE inclut des virus respectant la règle des 90 % d'identité de séquence, même s'ils ne remplissent pas tous les critères pour être reconnus comme nouveaux types viraux par le Centre de Référence International du Papillomavirus Humain. Ces virus sont identifiés par le suffixe "nr". ​